도덕적인 이유로 노예제도를 반대하는 링컨이 대통령에 당선되자 남부의 7개주(사우스캘로라이나, 미시시피, 플로리다, 앨라배마, 조지아, 루이지애나, 텍사스) 대표들은 1861년 1월 앨라배마의 몽고메리에 모여 독립된 국가인 미 연방국(Confederate States of America)을 설립하고 대통령(임기 6년)에 제퍼슨 데이비스를 선출했다. 연방국은 1861년4월, 4개주(캔자스, 테네시, 노스캐롤라이나, 버지니아)가 추가로 가입해 11개주가 되었다. 다른 노예주인 델라웨어, 매릴랜드, 켄터키, 미주리는 가입을 거부했다.

연방국은 수도를 몽고메리에서 리치몬드(Richmond)로 옮겼는데, 리치몬드는 워싱턴에서 60마일(96km, 240리)거리 밖에 안 되는 거까운 곳이다. 연방국은 링컨이 대통령에 취임(1861.3.4)한지 한달만인 1861년 4월 12일 사우스캘로라이나 주, 찰스턴 항의 섬터 요새에 포격을 가하면서 납북전쟁이 시작 되었다. 

링컨은 최초로 징집법(draft law, 1863)을 제정해 20세부터 45세 사이의 남자는 3년간 군복무를 의무화 했다. 남북전쟁이 시작되기전 합중국의 군인은 2만 명에 불과했다. 링컨은 언제나 군인들의 대통령(soldiers' president)으로 병사들과 어울리기를 좋아했고 병원에 입원해 있는 군인들을 방문해 위로하기도 했다. 그가 재선에 당선될 때 군인의 75%가 링컨에 투표를 했다. 링컨이 재선에 당선된 것은 32년( 이전 대통령의 8명이 단임에 그침)만에 처음이었다.

남북전쟁이 일어나자 성경은 총알(bullets)과도 같이 빠르게 출판 되었다. 뉴욕에 본부를 둔 미국성경협회(American Bible Society)는 입대하는 모든 군인들에게 성경책을 보급하기로 결정했다. 이에 따라 16개 인쇄소에서 성경책을 발간하기 시작했다. 전쟁 첫해, 성경협회가 발간한 성경책만도 전년도 보다 37만권이나 더 많았다. 

미국성경협회는 1816년 뉴욕에서 자발적인 단체(voluntary society)로 설립되었다. 이 협회는 1829년 미국의 전 가정에 성경책 (a Bible to every household)을 보급하기 시작했다. 이 협회는 전략을 짜서 군 입대를 앞둔  젊은이들이 사는 타운이나 마을을 직접 찾아가서 동네 사람들이 보는 가운데 성경책을 직접 전달했다. 이 협회가 전달한 성경책은 작고 간결한 휴대용 성경책(pocket Bible)이었다. 미국 역사에 있어서 남북전쟁에 참여한 군인들이 가장 종교적(the most religious)이었다. 

전쟁에 참여한 대다수 군인들은 성경 구독과 기도를 통해 죽음에 대한 공포를 극복하는데 많은 도움이 되었다. 성경은 남북전쟁에서 일시적인 것과 영원한 것의 가교(bridge)역할을 하는 소중한 개인적인 자원이었다. 휴대용 성경책은 남과 북 양측 모두 전쟁기간 동안 목숨을 걸고 싸우는 소탕전에서 우군이 되어주는 증표(testimony)였다. 

생과사의 기로에 있던 한 병사는 그가 위 왼쪽 주머니에 지니고 있던 휴대용 성경이 탄환을 막아, 생명을 연장시켜 주어 화제 거리가 되었다. 이와 관련해, 1861년 7월 마나사스 전투에서 남부군의 한 병사가 총을 맞고 야전병원으로 실려 갔는데 치명적인 부상을 입은 것으로 판명되었다.